在长期股权投资的合并核算中，被合并企业的净资产应按照公允价值进行确认和计量。具体处理步骤如下：
1. 首先，确定被合并企业的公允价值。公允价值是指在公开市场上交易的价格，或者是可靠的估计值。可以通过专业评估机构的评估报告、市场交易价格等方式确定公允价值。
2. 将被合并企业的净资产按照公允价值进行计量。净资产包括资产、负债和所有者权益。根据公允价值原则，被合并企业的资产和负债应以公允价值计量，而所有者权益则是通过计算净资产的差额得出。
3. 将被合并企业的净资产纳入合并财务报表中。将被合并企业的净资产合并到母公司的财务报表中，作为长期股权投资的一部分。合并后，被合并企业的净资产将被重新计量为长期股权投资。
4. 通过合并调整，将合并前后的差异纳入合并调整项目中。合并调整是为了反映合并前后的差异，包括合并前的投资成本、被合并企业的净资产差异等。合并调整的目的是确保合并后的财务报表准确反映合并实际情况。
需要注意的是，上述处理方法适用于按照权益法进行合并核算的情况。如果按照购买法进行合并核算，则需要按照购买价格确定被合并企业的净资产，并将其纳入合并财务报表中。
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