在非同一控制下企业合并中，如果合并交易中存在对价，对价的公允价值应当按照以下步骤计算：
1. 首先，确定被合并企业的净资产公允价值。这可以通过评估被合并企业的净资产的公允价值来确定。评估可以采用市场方法、收益法或成本法等。
2. 然后，确定非同一控制下企业合并中的对价。对价可以是以货币形式支付的现金、股票、债务或其他资产。
3. 接下来，计算对价的公允价值。如果对价是以货币形式支付的现金，其公允价值就是其面值。如果对价是以股票形式支付的，其公允价值可以通过市场价格来确定。如果对价是以债务或其他资产支付的，其公允价值可以通过评估来确定。
4. 最后，将对价的公允价值与被合并企业的净资产公允价值相比较。如果对价的公允价值大于被合并企业的净资产公允价值，就可以确认差额为商誉。如果对价的公允价值小于被合并企业的净资产公允价值，就需要进行减值测试，以确定是否需要计提商誉减值损失。
需要注意的是，以上计算方法仅适用于非同一控制下企业合并中存在对价的情况。如果合并交易中不存在对价，或者对价无法可靠确定公允价值，就需要采用其他方法来计算或有对价的公允价值。
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